Fuori dalla chiesa Francesco trova un vecchietto che pregava ,era il prete che  custodiva la chiesa di San Damiano . Francesco gli si avvicinò e gli baciò la mano, e poi  estrasse  dalla tasca della moneta che donò al prete per restaurare la chiesa che era in rovina. Il giovane chiese al prete:-Ti prego con questi soldi compra dell’olio, perché vi sia sempre un lume acceso davanti al crocifisso.
Dopo questo, le "stranezze" del giovane si fecero ancora più frequenti: Francesco fece acquisto di stoffe, nel negozio del padre, e andò a Foligno per venderle. Quando fu li vendette anche il cavallo, tornò a casa a piedi e offrì il denaro ricavato al sacerdote di San Damiano, allo scopo che riparasse quella chiesetta. Pietro di Bernardone diventò furente; molti ad Assisi furono solidali con quel padre che vedeva tradite le proprie aspettative. Francesco nella sua eccessiva generosità poteva essere interpretato come uno che dava sintomi di squilibrio mentale e così sicuramente lo intese il padre. Pietro Bernardone  visto tutto l’accaduto non sapeva più come fare verso questo figlio ormai incontrollabile nella sue decisione sulla povertà, si recò dal vescovo Guido di Assisi, invece di andare a cercare il figlio a San Damiano. Il vescovo decise che padre e figlio si dovevano incontrare in sua  presenza. Quando i due giunsero, il padre disse al figlio:-Se vuoi seguire la via del signore  figlio mio fai pure, però restituiscimi  i soldi che hai guadagnato a Foligno con la vendita dei vestiti del mio negozio. Il vescovo disse al Francesco:-Tuo padre ha ragione, è giusto che tu gli renda i sui soldi indietro, il denaro è suo-. Accadde allora qualcosa di inaspettato, Francesco si tolse tutti gli abiti e rimase nudo. Francesco ormai spoglio dei suoi abiti  disse al padre:- Ho Signore, io rendo non solo il denaro ma anche gli abiti che mio pare mi regalò. Poi Francesco esclamò:-Fino a oggi ho chiamato padre, lui, Pietro di Bernardone, ma da ora in poi nella mia vita dirò solo: Padre nostro che sei nei cieli …… Il vescovo anche lui emozionato dalla scelta di Francesco si avvicinò al ragazzo e con il suo mantello lo copri. Così da quel giorno gli abitanti di Assisi, non chiamarono più Francesco come il figlio del mercante di stoffa Pietro  Bernardone, e non lo videro più vestito con i suoi abiti principeschi ,ma divenne per loro il Poverello  di Assisi. Dopo il rinnego dell’eredita, Francesco era rimasto solo e povero. Non possedeva più nulla al mondo. Per amore di Gesù Cristo aveva sposato Sorella Povertà. Poi Francesco con gioia , partì con solo una mantello misero come vestito, e andò casa per casa a chiedere un tozzo di pane e a parlare d’amore. Egli era felice e voleva che tutti fossero felici come lui. Era come  se Gesù fosse tornato sulla terra, tanto Francesco lo ricordava. Poi si recò a Gubbio dove servì i lebbrosi, poi ritornò ad Assisi per riparare  le chiese di San Damiano, San Pietro e la Porziuncola. Tutto questo accadde il 1207

Arrivata l'estate e placatosi lo scandalo sollevato dalla rinuncia dei beni paterni, Francesco ritornò ad Assisi. Per un certo periodo se ne stette solo, impegnato a riparare alcune chiese in rovina, come quella di San Pietro (al tempo, fuori le mura), la Porziuncola a Santa Maria degli Angeli e San Damiano.
I primi anni della conversione furono caratterizzati dalla preghiera, dal servizio ai lebbrosi, dal lavoro manuale e dall'elemosina. Francesco scelse di vivere nella povertà volontaria, ispirandosi all'esempio di Cristo, lanciando un messaggio opposto alla società duecentesca dalla facili ricchezze. Francesco rinunciò alle attrattive mondane, vivendo gioiosamente come un ignorante, un "pazzo" ovvero un "giullare", dimostrando come la sua obiezione ai valori fondanti della società di allora potesse generare una perfetta letizia. In questo senso il suo esempio aveva un che di sovversivo rispetto alla mentalità del tempo.
Il 24 febbraio 1208, giorno di san Mattia, dopo aver ascoltato il passo del Vangelo secondo Matteo nella chiesa di San Nicola ad Assisi, Francesco sente fermamente di dover portare la Parola di Dio per le strade del mondo. Inizio cosi la sua predicazione, dapprima nei dintorni di Assisi. Ben presto altre persone si aggregarono a lui e, con le prime adesioni, si forma il primo nucleo della comunità di frati. Il primo di essi fu Bernardo di Quintavalle, suo amico d'infanzia. Tra gli altri si ricordano Pietro Cattani, Filippo Longo di Atri, frate Egidio, frate Leone, frate Masseo, frate Elia Bombarone, frate Ginepro, Frate Ruffino amico d’infanzia di Francesco e cugino di Santa Chiara . Insieme ai suoi compagni, Francesco inizio a portare le sue predicazioni fuori dall'Umbria.
Nel 1209, quando Francesco ebbe raccolto intorno a se dodici compagni, si recò a Roma per ottenere l'autorizzazione della regola di vita, per se e per i suoi frati, da parte di papa Innocenzo III. Dopo alcune esitazioni iniziali, il Pontefice concesse a Francesco la propria approvazione orale per il suo Ordine dei Frati Minori: a differenza degli altri ordini pauperistici, Francesco non contestava l'autorità della Chiesa, ma la considerava come "madre", e le offriva sincera obbedienza. Francesco era la personalità ideale per Innocenzo, che poteva finalmente incanalare le inquietudini e il bisogno di partecipazione dei ceti più umili nel seno della Chiesa, senza porsi come antagonista ad essa scivolando nell'eresia.
Del testo presentato al Papa non ci e rimasta traccia. Gli studiosi pensano, tuttavia, che esso consistesse principalmente in brani tratti dal Vangelo, che col passare degli anni, insieme ad alcune aggiunte, confluirono a formare la Regola non bollata, che Francesco scrisse alla Porziuncola nel 1221.
Di ritorno da Roma, i frati si installarono in un "tugurio" presso Rivotorto, sulla strada verso Foligno, luogo scelto perche vicino ad un ospedale di lebbrosi. Tale posto tuttavia era umido e malsano, e i frati dovettero abbandonarlo l'anno successivo, stabilendosi presso la piccola badia di Santa Maria degli Angeli, sulla pianura del Tescio, in località Porziuncola. Abbandonata in mezzo al bosco di cerri, venne concessa a Francesco e ai suoi frati dall'Abate di San Benedetto del Subasio.
Questa nuova forma di vita attira anche le donne: la prima fu Chiara Scifi, figlia del nobile assisiate Favarone di Offreduccio. Nella notte della Domenica delle Palme del 1211 (o del 1212), a Santa Maria degli Angeli, chiese a Francesco di poter entrare a far parte del suo ordine, e quella stessa notte ricevette l'abito religioso dal santo. Francesco la sistemò per un po' di tempo prima presso il monastero benedettino di Bastia Umbra, poi in quello di Assisi. In seguito, quando altre ragazze (fra cui anche la sorella di Chiara, Agnese) seguirono il suo esempio, presero dimora nella chiesetta di San Damiano